La Guerra Civil suspendió bruscamente todas las expectativas del primer momento y, por supuesto, la pretensión de celebrar un congreso en octubre de 1936. En el ámbito académico apenas se produjeron modificaciones entre los catedráticos de patología quirúrgica y de terapéutica quirúrgica pues las depuraciones con separación definitiva del servicio que la contienda trajo como consecuencia afectaron únicamente a los hermanos Antonio y Joaquín Trias Pujol en Barcelona, que se exiliaron en Colombia. Muy al contrario, entre los cirujanos de la universidad se encontraban hombres de una ideología política afín a los nacionalistas por lo que vieron pronto reconocida su situación con su integración al servicio sin imposición de sanción alguna (Estella Bermúdez de Castro, Martín Lagos, Agredes). En general puede afirmarse que su suerte ante la Guerra Civil fue similar a la que se advierte en otros médicos de orientación fundamentalmente clínica, que bien por encuadrarse en una mentalidad burguesa o bien como consecuencia del prestigio de su actividad sanitaria gozaron de una protección social que no alcanzó a otros colegas sin dedicación inmediata al enfermo.

Entre los cirujanos dedicados al ejercicio libre de la profesión hubo en cambio quienes sufrieron las consecuencias de los procesos de responsabilidades que se siguieron al fin de la guerra. Las circunstancias geográficas, más que la afinidad política, hicieron que muchos profesionales se viesen inmersos en una dinámica que en buena medida estaba alejada de sus más íntimas convicciones. Sin embargo, concluido el enfrentamiento los vencedores impusieron a los vencidos sus condiciones del mismo modo que quienes les habían acompañado en el triunfo pudieron también beneficiarse de los laureles obtenidos. Así, Bastos Ansart o Corachán García abren una lista de nombres que se puede continuar con los de d'Harcourt Got o Trueta Raspall como más evidentes víctimas de las consecuencias que la contienda trajo para la cirugía española. Algunos de ellos, como los dos citados en primer lugar, tuvieron un papel decisivo en la creación de la Asociación Española de Cirugía y, por tanto, no puede sorprender que la naciente Sociedad sufriese en este temprano momento las consecuencias de la nueva situación.

De inmediato las actividades de la naciente Asociación quedaron suspendidas. La penuria de la posguerra no facilitaba los contactos o la organización de actividades con un mínimo de calidad y las filas del grupo inicial se vieron en la década de los cuarenta muy mermadas, así de los ocho ponentes encargados del Congreso nonato de Valencia, tres habían fallecido (Corachán en 1942, Olivares en 1944 y Gómez Ulla en 1945) y un cuarto (J. Trias Pujol) estaba en el exilio. Por ello transcurrieron 14 años hasta que la Asociación pudo reanudar su andadura. En efecto, los días 12, 13 y 14 de mayo de 1949 se convocaba una reunión de intercambio científico en Madrid con el fin de "estrechar los lazos de amistad personal con nuestros colegas nacionales o extranjeros y estudiar sus organizaciones y técnicas quirúrgicas". La convocatoria la firmaban Goyanes como presidente del comité permanente y el secretario general Rementería. Se pretendía que en el futuro estas reuniones tuviesen una periodicidad anual en diferentes ciudades dejando a la responsabilidad de los organizadores la realización del programa científico (conferencias, operaciones, demostraciones) mientras los cirujanos foráneos se limitarían a desempeñar el papel de espectadores. Entre los temas de esta primera reunión se incluía el estudio y desarrollo de las sesiones del I Congreso Nacional de Cirugía que se anunciaba en Barcelona para el mes de octubre. El programa definitivo de actos de este primer Congreso contenía una referencia explícita a la situación precedente y al papel que la Asociación podría desempeñar en el futuro: La Asociación Española de Cirujanos, con el ánimo de reactivar y superar sus actividades, interrumpidas desde nuestra Cruzada de Liberación, ha creído conveniente disponer la celebración del Primer Congreso Nacional de Cirugía (...) La finalidad del Congreso es la de una reunión cordial y amistosa de todos los congresistas, a fin de exponer mutuamente los progresos técnicos y de experimentación que ha sufrido esta rama de la Medicina en todas sus especialidades en los últimos años.

Era evidente, pues, que tras el paréntesis de la guerra y restañadas las heridas sociales que el conflicto había producido convenía reanudar la andadura. En las memorias que en 1969 publicó Manuel Bastos hay una referencia expresa a la nueva situación generada en torno a la antigua Asociación en estos años de restauración "por quienes últimamente utilizaron su nombre pero sin respetar su espíritu". Hubo, así, una clara intención de apropiarse del proyecto, pues poco más que eso fue la inicial Asociación, y sobre cauces nuevos determinados por la nueva situación política y social de la especialidad, conducir el desarrollo de la Sociedad. Más explícito resultó Goyanes en su discurso de despedida presidencial, en 1949, cuando al elogiar la labor de Rementeria como secretario de la Asociación se refería al riesgo de "aborto y disolución colectiva" que padeció la sociedad inmediatamente después de la Guerra Civil por existir una "tendencia disolvente individual y de grupo regional que amenazaba con la perdida de lo conseguido". Rementería había conseguido "halagando a unos, reprimiendo las excesivas aspiraciones de otros" mantener viva la imagen de la Asociación y sacar adelante su continuidad tras el drama de la guerra y la inmediata posguerra.

El primer Congreso constituyó una real y verdadera refundación de la Asociación Española de Cirujanos. Habían transcurrido casi tres lustros desde la fundación original y la censura de la Guerra Civil y el inevitable efecto del tiempo habían traído nuevas generaciones a la especialidad. Muy consciente de ello fue Gómez Durán, secretario general durante muchos años, quien consideraba que en realidad la Asociación había echado a andar después del congreso de 1949 o Cuadrado Cabezón, presidente de 1976 a 1980, quien en 1978 recordaba como momento fundacional la reunión celebrada por convocatoria de Goyanes y Rementería en mayo de 1949. El Congreso lo presidía el cirujano catalán Juan Puig Sureda con García Tornel como vicepresidente y Pedro Piulachs Oliva como secretario general. La inauguración contó con la presencia del Director General de Sanidad José Alberto Palanca y la presencia de las primeras autoridades de la ciudad. Unos 500 congresistas acudieron a este congreso (aunque Rementería tenía registrados en la Secretaría sólo 360 socios) cuyo papel fue decisivo para el futuro de la Asociación. Entre los asistentes se encontraban algunos de los primeros iniciadores de la Sociedad como Goyanes Capdevila, Morales Aparicio, Martín Lagos o Cortés Lladó. La representación extranjera fue muy escasa dada la situación de aislamiento internacional (en 1946 se había abierto de nuevo la frontera francesa) y estaba constituida por algunos cirujanos franceses del Midi. La prensa destacaba especialmente la presencia del Dr. Hellner de la Universidad de Gotinga "primer científico alemán que asiste a un congreso español después de la guerra". Una de las ponencias "El cirujano ante el Seguro de Enfermedad" pretendía que los asistentes debatiesen una cuestión muy en primer plano en aquellas fechas cuando la implantación del Seguro de Enfermedad desde 1944 iniciaba una reforma decisiva en la profesión Del Congreso saldría una nueva junta directiva de la Sociedad constituida por Juan Puig Sureda como presidente, tres vicepresidentes Víctor Manuel Nogueras, Pedro Piulachs y Antonio Cortés Lladó, como secretario general se mantenía quien lo había sido antes de la Guerra Civil José María Rementería Aberasturi. Se acordó igualmente que el próximo Congreso se celebraría en Madrid bajo la presidencia del catedrático Francisco Martín Lagos y se ocuparía de la secretaría del mismo Carlos González Bueno. Goyanes Capdevila, que había sido la figura más importante de la cirugía española hasta la Guerra Civil, se apartaba de la Asociación; la edad (había nacido en 1876), su creciente dedicación a las humanidades y un claro desentendimiento con la fuerte personalidad de Martín Lagos motivaron este alejamiento. A su muerte en 1964 una interesante revisión histórica de sus trabajos más originales sería el homenaje indirecto de la Asociación a su primer impulsor.

En octubre de 1951 se celebró en Madrid el II Congreso Nacional de Cirugía. El acto inaugural contó con la presencia de la plana mayor de la sanidad española que daba así, desde la capital de la nación, el espaldarazo de las autoridades a la Asociación. Los gastos de organización del Congreso fueron subvencionados por los ministerios de Gobernación, Educación y Trabajo, lo que permitió editar con esmero las ponencias. No fue ajena a la obtención de estas ayudas la gestión de algunos miembros del comité organizador como su vicepresidente, Alfonso de la Fuente Chaos, su contador Cristóbal Martínez Bordiú, marqués de Villaverde, o el propio secretario González Bueno todos ellos muy vinculados a los centros de poder político del Estado. Bajo la presidencia del ministro de Gobernación asistieron los directores generales de Sanidad y Previsión, el presidente del Consejo General de Colegios Médicos, el rector de la Universidad de Madrid y el director del Instituto de Medicina e Higiene del Trabajo. Los act os transcurrieron con el tono habitualmente patriótico que por aquellos años se daba a este tipo de actividades, las crónicas advertían que las deliberaciones, que ocupaban mañana y tarde durante 10 horas, sólo se interrumpieron una tarde para que los congresistas, como homenaje a los muertos durante la pasada guerra, visitasen el todavía inacabado Valle de los Caídos". En su nueva andadura la Asociación de Cirujanos percibió inmediatamente la necesidad de dotarse de un órgano de difusión propio. Para ello, el secretario general Gómez Durán dirigió en los primeros meses de 1952 una circular a los socios anunciándoles la próxima aparición de una revista titulada Cirugía, y solicitando las primeras suscripciones. El panorama de las publicaciones quirúrgicas españolas y la propia composición de la Asociación llevaron muy pronto a una solución de este problema. En efecto, desde julio de 1950 se publicaba en Madrid la revista Cirugía, Ginecología y Urología bajo la dirección conjunta de L. Estella, J. García Orcoyen, C. González Bueno, F. Martín Lagos y A. de la Peña. Su primer número reproducía un "Editorial" en el que se informaba de los propósitos de la publicación surgida para "cumplir un cometido científico y de difusión de técnicas, resumen, lo más amplio posible de la actividad quirúrgica española"; así mismo, se advertía que la revista no representaba la obra de nadie ni a ningún servicio hospitalario concreto y por ello "si en cualquier momento no nos encontrásemos en condiciones de continuarla, sería un nuevo equipo el llamado a asegurar su perdurabilidad"". El "Editorial" se refería también a los antecedentes más inmediatos de la publicación de los que en alguna medida se consideraba continuación: la Revista Española de Cirugía que había dirigido el catedrático de Madrid José Estella Bermúdez de Castro desde 1944 y la Revista Española de Cirugía, Traumatología y Ortopedia que había fundado el mismo año en Valencia Martín Lagos y que dejó de publicarse para "unirse a la obra conjunta". Con motivo de la recepción de la circular citada Alfonso de la Peña dirigió una carta a Gómez Durán en la que le señalaba los inconvenientes que se seguirían de la aparición de una segunda revista quirúrgica en un medio tan precario como el español, por ello le ofrecía en nombre de los otros coeditores la posibilidad de integrar la nueva revista en la antigua y de este modo evitar la previsible desaparición de ambas en un corto plazo. Era un ofrecimiento que beneficiaba a ambas partes pues la revista tenía acumulado en 1952 un déficit de 70.000 pesetas y la Asociación, en la documentación interna de su secretario general, reconocía que no tenía un volumen suficiente de socios como para con su concurso sostener una publicación periódica. Las conversaciones entre las partes llevaron a un acuerdo por el que los editores cedían la publicación y administración de la revista (pero se reservaban la propiedad de la cabecera) y la Asociación nombraba al redactor jefe y al secretario de la revista; además en el Consejo editorial, con los antiguos editores, la Asociación designaría los miembros que estimase oportunos. Al fin, el número de enero de 1953 se abría con un breve "Editorial" firmado por Juan Puig Sureda, presidente de la asociación, en que informaba que a partir de ese momento Cirugía, Ginecología y Urología se convertía en portavoz de la Asociación Española de Cirujanos.

No fueron fáciles las gestiones para alcanzar este acuerdo que, re otras consecuencias inmediatas, trajo la introducción en el consejo de redacción de los doctores Gómez-Durán, González Duarte, De la Fuente Chaos, Moraza, Nogueras, Piulachs, Puig Sureda y Vara López. Mayor repercusión en el funcionamiento de la revista tendría el nombramiento como redactor jefe del también cirujano Tomás Rodríguez Mata en cuyo domicilio la revista y la Asociación tuvieron hasta 1977 su sede. Algunos de los antiguos suscriptores expresaron su disgusto por la nueva situación creada (que motivó la aparición bajo el título del rótulo "Segunda Época") por lo que los primitivos editores de la revista se vieron obligados a dar una explicación pública de estas modificaciones. Justificaban los cambios introducidos en función de su deseo de evitar la fragmentación y la multiplicidad de publicaciones quirúrgicas y en su pretensión de mantenerse como "representación ante los colegas españoles y los cirujanos extranjeros del tra bajo nacional de esta disciplina". Por ello al conocer la intención de crear una nueva publicación decidieron ofrecer la suya a los directivos de la Asociación. Afirmaban además que los cambios producidos no suponían alteración alguna en los propósitos iniciales puesto que se conservaba la independencia de la revista,"in cuanto al equipo responsable de la edición, se mantenía y únicamente era ampliado como consecuencia de la necesidad de dar cabida a los responsables de la Asociación". Desde 1953, pues, la Asociación Española de Cirujanos contó con una revista propia para la difusión de sus actividades y la publicación de las investigaciones de sus socios. Frente a la tradición anterior de las revistas de cirugía que no se ocupaban de otra cosa que de reproducir investigaciones originales o referatas de otras publicaciones la Revista Española de Cirugía ni siquiera abrió su primer número con una declaración de propósitos o una breve autopresentación - Cirugía, Ginecología y Urología mantuvo una sección de noticias informando de congresos y reuniones y dedicó un espacio amplio en cada número a comentar bibliografía internacional.

El III Congreso tuvo lugar en Granada del 23 al 27 de septiembre de 1953. Era una aspiración que ya en Barcelona, durante el primer Congreso, había expresado quien había de ser su presidente, el catedrático de cirugía Enrique Hernández López. La pretensión se había condicionado a la finalización del Hospital Clínico de San Cecilio (que fue inaugurado el 19 de marzo de ese año) y de la Facultad de Medicina. El titular de la otra cátedra de cirugía Juan Sánchez Cózar ocupó la vicepresidencia del Congreso y Juan Pulgar Ruiz se encargó de la secretaría general del Congreso que se celebró simultáneamente con la I Reunión Española de Anestesiología. Las ponencias se publicaron a lo largo de 1954 en distintos números de Cirugía, Ginecología y Urología que, de esta manera, se incorporaba definitivamente como órgano difusor de las actividades de la Asociación. Los actos transcurrieron con la habitual brillantez de otras ocasiones y se hicieron coincidir con la inauguración de la residencia del Seguro Obligatorio de Enfermedad. La prensa local dedicaba una atención especial a la asistencia al congreso del marqués de Villaverde quien presidió una ponencia libre especial dedicada a "Cirugía intratorácica", también en Granada como en Madrid se destacó especialmente la colaboración económica de varios ministerios. En la Asamblea de la Asociación de Cirujanos fue elegido presidente Antonio Cortés Lladó, uno de los fundadores de la sociedad y catedrático en la Universidad de Sevilla.

Manteniendo la periodicidad tradicional de celebración de los Congresos cada 2 años, los días 27 y 30 de septiembre de 1955 tenía lugar en Zaragoza el IV Congreso Nacional de Cirugía. El Congreso de Zaragoza tuvo un programa de actos muy similar al que por aquellos años reproducían reuniones análogas y destaca por la muy expresa defensa de los valores tradicionales como conformadores de la conducta del cirujano que allí se expusieron. El secretario de la Asociación Española de Cirujanos, Gómez Durán, en el discurso de clausura se refirió ampliamente a la formación moral del cirujano y expresó su confianza, según la reseña de su discurso que reproducía la revista, en que "las reservas espirituales de nuestro país y la profunda formación religiosa de nuestras conciencias constituyan la mejor protección contra las posibles desviaciones". Las tensiones que enfrentaban a los cirujanos no dejaron tampoco de ser recordadas en el discurso del secretario general de la Asociación quien propugnó una mayor integración entre las diferentes especialidades, asunto tanto más acuciante por cuanto acababa de publicarse el Decreto sobre Especialidades Quirúrgicas (20 de junio de 1955). Gómez Durán alentó igualmente a los asistentes a potenciar la Asociación favoreciendo la integración en ella de más cirujanos a imitación de lo realizado por entidades análogas del extranjero con una tradición secular. La Junta Directiva de la Asociación fue también renovada resultando reelegido como secretario general Gómez Durán.

La Asamblea General de la Asociación que tuvo lugar con motivo del Congreso modificó también algunos artículos del Reglamento funcional de la Asociación. Más trascendencia tuvo en cambio la decisión de retrasar a 4 años el período comprendido entre cada Congreso y el acuerdo de celebrar cada dos una reunión para que entre los socios no se mantuviese una separación muy prolongada. La preocupación por impulsar las actividades de la Asociación llevó también a instituir el primer Premio Nacional de Cirugía de la Asociación Española de Cirujanos en reconocimiento al "mejor trabajo experimental, de investigación clínica, de técnica operatoria o de una cuestión o problema de índole quirúrgico o materias afines a la Cirugía". La dotación era de 25.000 pesetas y se acordaba que se entregaría en la clausura de cada congreso.

El presidente de la Asociación, Antonio Cortés Lladó, clausuró el Congreso con un discurso sobre la formación del cirujano en el que volvía sobre las disposiciones legales que regulaban las especialidades médico-quirúrgicas. Para Cortés Lladó, al margen de cualquier otra consideración sobre programas y saberes, sólo podría conseguirse una instrucción adecuada del cirujano cuando se hubiese podido conseguir una dedicación completa full-tirne durante la época de especialización en un régimen de internado con residencia que permitiese al especialista pasar por los servicios de policlínica, guardia (urgencia) y sala de operaciones. Era esta una vieja aspiración de los cirujanos españoles conscientes de las limitaciones que a la formación de especialistas originaba su dependencia económica del ejercicio libre profesional. Ya en 1941 en su discurso de apertura de curso en la Universidad Central el catedrático de cirugía Laureano Olivares había calificado a la clientela privada del mayor enemigo del catedrático ideal de cirugía al restringir notablemente el tiempo de dedicación a la actividad formativa de nuevos cirujanos.


Hacia la consolidación
Cumpliendo el compromiso establecido en Zaragoza entre el 22 y el 25 de junio de 1959 tenía lugar en Valencia el V Congreso Nacional de Cirugía. El fallecimiento del catedrático José Gascó Pascual a quien se había encargado la presidencia del mismo hizo recaer esta responsabilidad en el también catedrático Carlos Carbonell Antolí. El congreso de Valencia fue un testimonio más de la inquietud que la Asociación sentía ante el desarrollo de las especialidades quirúrgicas frente a la tradicional cirugía general. Si en Zaragoza se había hecho coincidir el VI Congreso con la II Reunión Nacional de la Asociación Española de Anestesiología en Valencia, simultáneamente, se iniciaba el I Congreso Hispano-Luso de Anestesiología y un Simposio sobre Cirugía Plástica. Como siempre, la celebración de un congreso motivó la reunión de la asamblea general de la Asociación Española de Cirujanos que eligió presidente a Martín Lagos y reeligió como secretario general a Gómez Durán. La asistencia de congresistas, 700 según la reseña del acto, coincidía casi exactamente con el número de miembros de la Asociación que el secretario general estimaba en el informe a la Asamblea en más de 600. Curiosamente el Primer Premio Nacional de Cirugía se declaró desierto aunque la organización del Congreso sí concedió el Premio Gascó instituido para recordar al fallecido presidente José Gascó Pascual.

Los días 3, 4 y 5 de octubre de 1963 tenia lugar en Barcelona el VI Congreso Nacional de Cirugía. La Asamblea General de la Asociación de Cirujanos celebrada durante este congreso tomó algunas decisiones importantes que han repercutido intensamente en el funcionamiento y evolución de la Sociedad. A la altura de 1963 la constitución de nuevas especialidades quirúrgicas se hacía ya inevitable. La creación de una red hospitalaria estatal cada vez más amplia y dotada ofrecía a estos profesionales unas posibilidades de trabajo más autónomas de los servicios de cirugía general. La preocupación por evitar su marcha de la Asociación llevó a la conveniencia de que los sucesivos congresos mantuviesen ponencias dedicadas a temas de interés para cirujanos generales y especialistas. Se entendía así que de este modo sería más fácil alcanzar la integración de las especialidades quirúrgicas en la Asociación pues en los últimos congresos se había hecho muy patente el aumento en el número de sus comunicaciones. De este modo se potenciarían las secciones y los futuros congresos serían en realidad de Cirugía General y de Especialidades Quirúrgicas. Era, en definitiva, una orientación similar a la que se advertía en reuniones internacionales similares.